La fascia dunale è colonizzata sul litorale da essenze pioniere fra cui: Giglio di mare (pancratium marittimum), Euforbia, Cardo di mare, Ruchetta di mare  (cakile marittimo) mentre subito dopo, procedendo dal mare, si trovano il Ginepro Coccolone, il Corbezzolo e le Eriche.
Nello stagno retrodunale, che rappresenta il cuore del rifugio, si trovano le specie igrofile come Frassini, Olmi, Ontani, aceri, Salici, giunco di palude e cariceto.

Il tombolo è costituito da una pineta mista con leccio; gli incolti e  i coltivi sono intervallati da siepi e Prugnolo e Alaterno punteggiati di Olmi.

Nel sottobosco, in certi periodi dell’anno, si trovano varie specie di funghi tra cui il più prestigioso è il Porcino Nero (boletus aureus).